Der Baltische Stör weist eine vergleichbare Dynamik seines Rückgangs auf wie der europäische Stör. Letzte Fänge aus dem Ostseeeinzugsgebiet wurden 1984 aus dem Ladoga See und 1996 aus Estland gemeldet. Ende der 60er Jahre wurden die letzten Individuen in Oder und Weichsel gefangen.
Acipenser oxyrinchus gilt daher in der Ostsee als ausgestorben oder verschollen.
In Nordamerika ist die Art mit 2 Unterarten vertreten. Der Ursprung des Baltischen Störs liegt im norden in den kanadischen Flüssen St. John und St. Lawrence. Hier sind die Bestände noch so groß, dass kommerzielle Fischerei stattfindet.