Der rechtliche Status des Europäischen Störs ist in Deutschland entsprechend der Zuständigkeiten auf nationaler und föderaler Ebene der Bundesländer geregelt.
Acipenser sturio ist seit 1976 in der Roten Liste der gefährdeten Arten der Bundesrepublik Deutschland aufgeführt (Blab und Nowak 1976).
Er ist durch das Bundesnaturschutzgesetz und die Naturschutzgesetze der Bundesländer streng geschützt.
Der Fang von A. sturio ist, zum Teil im Verbund mit anderen Störarten, durch die Fischereigesetze der Bundesländer (Fischereiportal) verboten.
Verkauf und Transport von A. sturio sind per Ministerialerlass seit Juni 1976 gemäß dem Washingtoner Artenschutzübereinkommen gesetzlich verboten. Ausnahmen unterliegen der Genehmigungspflicht durch die Bundes- und Ländereinrichtungen, die mit dem Vollzug betraut sind.

Ein nationales Programm zur Arterhaltung und Wiederansiedlung wurde 1996 begonnen. In dessen Rahmen wurden bereits einige geeignete Flusshabitate für die Vermehrung und die frühen Lebensstadien in den Flüssen Elbe, Oste, Stör und Rhein identifiziert.
Im Rahmen von Natura 2000 wurden wegen des Fehlens der Art in den Flüssen und der extremen Seltenheit in den deutschen Küsten- und Meeresgewässern keine Schutzgebiete nach der FFH-Richtlinie für diese Art vorgeschlagen bzw. ausgewiesen.

Acipenser sturio wurde wegen seiner extremen Seltenheit und seines unbekannten Status auch bei der Umsetzung der EG-Wasserrahmenrichtlinie (Richtlinie 2000/60/EG vom 23. Oktober 2000 zur Schaffung eines Ordnungsrahmens für Maßnahmen der Gemeinschaft im Bereich der Wasserpolitik - WRRL) nicht berücksichtigt.
Der Stör findet daher in den nach Maßgabe der WRRL im Dezember 2009 fertig gestellten Bewirtschaftungsplänen und Maßnahmenprogrammen für die deutschen Flussgebiete keine direkte Berücksichtigung.